根据县地方海事处主要职责，设4个内设机构。

（一）办公室

协调处理机关和直属单位行政事务，制订机关内部管理制度；负责文电、会务、机要、档案等机关日常工作；负责本处重大事项和决定的督办；负责重要文件和报告的起草工作；承担宣传、统计、保密、接待、信访、安全、提案和建议案办理、信息化建设、政务公开、计划生育、组织人事、机构编制、劳动和社会保障、后勤服务等工作。

（二）港口航务管理股（征收稽查股）

负责全县港口岸线行政管理工作；负责处理水资源综合利用中与航道有关事宜；负责组织培训水路运输管理人员；负责新增（更新）客渡船舶的营运审批及发证工作；负责客渡船舶年检年审工作；负责全县水上港口规费和交通规费征稽工作；负责票证、现金、台账等管理工作；负责查处抗缴、截留、挪用规费事件；负责处理机关财务管理。

（三）安全监督股（黄金洞水库海事工作室）

负责全县水上交通安全监督管理；负责水上交通通航秩序和通航环境安全评估，防止船舶污染水域；负责水上水下活动行政许可；负责乡镇渡口渡船视频监控，调处内河交通事故；负责对船员的考试、发证；负责船舶、船员档案管理工作；负责监督黄金洞水库水上交通安全。

（四）法制股（加挂“行政审批股”牌子）

负责处机关规范性文件的审核和重大行政决策的合法性审查工作；负责行业普法工作；负责行政执法人员的培训与管理工作；负责行政处罚案件的审核工作；负责行政执法案例的编纂工作；承办行政应诉、听证等机关法律事务。根据授权，统一受理、承办和组织办理本单位所有行政许可、年检年审、行政服务及行政事业收费等事项。

机关党组织和纪检监察机构按有关章程和规定设置。