2018年，中心设14个科室，分别为：

办公室（加挂“支部办”、“纪检监察室”、“政工人事股”）

主任：李焱

电话：0730-6678708

质量管理股

股长：郑汨霞

电话：0730-6678711

财务管理股

股长：余琦

电话：0730-6678729

财务专线：0730-6222138

后勤管理股（加挂“老龄办”、“工会办”）

股长：唐平凡

电话:0730-6678728

传染病预防控制股（突发公共卫生事件应急处理办公室）

副股长：邱耀明

电话：0730-6678730

疫情专线：0730-6236373

免疫规划与生物制品股

股长：赖玲令

电话：0730-6678710

慢性非传染性疾病预防控制股（加挂“基本公共卫生项目办”）

股长：罗清均

电话：0730-6678712

艾滋病预防控制股（结核病预防控制股）

股长：单怀宇

电话：0730-6678717

公共卫生健康危害因素控制股（加挂“创建办”）

副股长：袁诚

电话：0730-6678719

检验检测中心

股长：张妹凤

电话：0730-6678707

体检中心

股长：邓丽君

电话：0730-6678709

预防医学门诊

股长：邓湘林

电话：0730-6287882

其中传染病预防控制股与突发公共卫生事件应急处理办公室合署办公，艾滋病预防控制股与结核病预防控制股合署办公。各股室定编如下：